Zamek został zbudowany prawdopodobnie w drugiej połowie XIV w. jako obronna rezydencja rodu Kmitów herbu Szreniawa. Istnieje jednak hipoteza, iż wcześniej istniała w Wiśniczu warownna budowla przejęta przez Kmitów. Nie ma jednak na to wystarczających dowodów, gdyż zamek po raz pierwszy pojawia się w dokumentach pisanych z lat 1396-1397. Były to rachunki żup bocheńskich.
Warownia była własnością Kmitów do roku 1553. W 1554 r. zamek przeszedł na własność Barzów i Stadnickich, od których w 1593 r. odkupił go Sebastian Lubomirski. Rezydencja została przebudowana w latach 1615-1621 przez Stanisława Lubomirskiego syna Sebstiana. Po zakończeniu prac budowlanych zamek był jednym z najlepiej ufortyfikowanych twierdz w kraju. Nie pomogło mu to jednak w czasie najazdu Szwedów w XVII w., kiedy został zniszczony, splądrowany i nigdy nie odzyskał już swojej świetności.
Do połowy XVIII w. rezydencja była we władaniu Lubomirskich, a następnie Sanguszków, Potockich i Zamoyskich. Pożar z 1831 r. sprawił, że zamek został opuszczony i zaczął zamieniać się w ruinę. W 1901 r. warownia została kupiona przez Zjednoczenie Rodowe Lubomirskich, które rozpoczęło jej remont.Po wojnie zamek przejęło państwo, a od roku 1949 prowadzone były prace przez Alfreda Majewskiego mające przywrócić mu całkowicie dawny wygląd.
Mimo że zamek był doszczętnie zniszczony, obecnie jest w bardzo dobrym stanie. W jego wnętrzu wystawione są fotografie obrazujące wygląd zamku sprzed lat, oprócz tego w jego salach znajdują się XIX- i XX-wieczne meble, makiety różnych zamków oraz prace plastyczne uczniów nowowiśnickiego Liceum Sztuk Plastycznych. Do zwiedzania udostępniona jest również ogromna sala balowa, sala plafonowa z pozłacanym sufitem, sala akustyczna wykorzystywana kiedyś jako miejsce spowiedzi, kaplica zamkowa oraz krypta z ekspozycją sześciu sarkofagów (w tym Stanisława Lubomirskiego).